按照黄明远的计策，杨广一方面对江南世家示之以恩，这一次更是选拔了数百江南世家的子弟为官；另一方面则用军队震慑，驻军深🝉入各州，双重其下，迅速使得地方上开始安定下来。
若🕻是按照既定政🁰策实行，数年之后，江南地区还真可能成🔊了杨广稳固的大后方。
杨广和黄明远重视江南世家，但其他朝臣💸🖧并不这么认为。
泗州刺杀天子事🁰件之后，杨广命令大臣彻查此案，并下旨江南各地追剿万安堂余孽，捉拿刺驾之贼子。又命各地取缔天师教，缉拿妖人。
这件事本来是对南陈余孽一次有计划的清洗，其目标性也很明确，就是反对势🆢👍力。在杨广看来，此事并不会对江南的局势有太大影响。
这朝野内外，最忌讳🆠🐹谋反之事，一有风吹草动，朝廷往往捕风捉影，见风是🎪🎪雨。
而且这皇🁘权社会，尤其是在皇帝下达对案件🈧🀰🀙的指示后，司法官员往往极力迎合君上心理，将嫌疑人犯屈打成招，把鸡毛蒜皮之事办成大案要案，然后大肆株连，揪🙍🅣出一撮又一撮的谋逆案犯。
因此负责查办此案的大理📣寺少卿上仪同三司于士澄在江南大肆追查刺客，其本着“宁可错抓🚺千人，不可使一人漏网”的态度，只要稍有嫌疑，就抓起来严刑拷打。重刑之下，抓捕的人越来越多，竟然有数百人人被迫承认自己是刺客，而涉及到的万安堂余孽达数万人之多，俘囚满狱。
本来一场有限度的追剿活动，最后竟有漫延之势，成了🆎一场对江南势♴力☤🁗🅹的大清洗。
刚开始第一茬案犯报到杨广这里，杨广还并不以为意，大手一挥，“♴并令同日斩决”，下令将这数百人同日处死。
但之后案犯越来🁰越多，连杨广看了都满是错愕。
虽然诛恶务尽，但若是这样杀下去，怕是💸🖧整个江南的🖚📊官吏、士绅都要杀光了。还怎么拉拢江南世家。
杨广命大理寺和刑部要严格复核这些案件。大理丞张🖚📊元济觉得此事颇为奇怪，这些被指控为万安堂余孽的案犯涉及到方方面🝖面，若是真的全是万安堂余孽，对方早就能一举掌控江南了，何必继续蛰伏待机。
张元♉🆠济调阅了相关的🆠🐹文书档案，发现大多💸🖧数人的罪状都是似是而非。
但于士澄在大理寺本就威望很高，且此次是天子下令的查案，本着杀错不能🎪放过的想法，龙威之下，司法部门🐝🀳竟没有一个人敢触逆鳞，这事便成了定案。
于士澄在江南大肆株连，每日被杀者无数。被抓获的叛逆越来越多，最后竟然达到满衙皆贼的地步。到了这🁐🄼🂽种局面，于士澄也是大吃一惊，不过他骑虎难下，容🎶不得后退，只得硬着头皮将这个案子查下去，坐实了众人的附逆之罪。
终于，江南的士庶终于无法忍受了。
十月四日，🟂万安堂余孽谢异、王褒🟋、顾子元等人在吴州昆山（治所在今上海市🆢👍青浦区东南）杀死县令，扯旗造反。
吴州刺史刘🟂权忙调集兵马镇压昆山的叛乱，但此时江南士庶被于士澄的暴虐所激起的愤怒早就填满胸膛。这时有人带头，江南豪强一呼百应，纷纷举旗反隋，声势浩大。再加上万安堂余孽的鼓动，整个江南立刻乱了起来。这些反隋武装“执县令，或抽其肠，🈹或脔其肉食之，”手段残忍，影响🚾😽恶劣，严重动摇了大隋政府在江南的统治基础。
到了这个时候，别说再继续清洗了，若是不能镇压叛乱，江南怕是要乱了🗕。这场动乱实际上是一场无妄之灾，若不是地方官员为了政绩为凌虐百姓，也不会引发这么大的骚乱。
杨广听闻消息之后大怒，立刻命各🟋地清剿匪患，安定地方。
为了彻底镇压各处盗匪，杨广以黄明远🎆🎱🔴为吴州道行军大总管，江南安抚大使，率领禁军和淮南府兵征讨江南叛逆。杨广授予了黄明远便宜行事的权利，江南四品以下官员可任由黄明远处置。而实际上整个江南也没有几人是四品以上的官吏，黄明远事实上成了江南官员的太上皇。